O Programa possui uma única Área de Concentração (ENGENHARIA DE ÁGUA E SOLO), com as seguintes linhas de pesquisa:
1. Monitoramento Ambiental e Recuperação de Solos Agrícolas e Áreas Degradadas
A linha Monitoramento Ambiental e Recuperação de Solos Agrícolas e Área Degradadas visa o estudo da recuperação e mitigação de áreas degradadas, no sentido edáfico bem como dos seus recursos hídricos, a fim de proporcionar o manejo adequado e o restabelecimento do potencial produtivo.
2. Manejo Integrado de Água e Solo
A linha de Manejo Integrado de Água e Solo aborda o desenvolvimento sustentável de agricultura irrigada, controle da salinidade em perímetro irrigado e caracterização hidrológica e gestão de bacias.
3. Aproveitamento de Resíduos e Reuso de Água
A linha de pesquisa Aproveitamento de Resíduos e Reuso de Água, aborda temas relativos ao aproveitamento de resíduos agrícolas e industriais para fins diversos bem como o reuso de águas salinas, de drenagem e residuárias.
4. Manejo de Atividades Agrícolas em Ambientes Protegidos
Aborda a aplicação dos conhecimentos de Engenharia e Agrometeorologia, associado aos processos físicos entre o ambiente construído e sua relação com o crescimento e desenvolvimento dos seres vivos, tanto os vegetais como os animais, que necessitam de condições ambientais adequadas para que os processos fisiológicos transcorram dentro de uma normalidade.